资质许可机关应当在建筑业企业资质证书有效期届满前做出是否准予延续的决定；逾期未做出决定的，视为准予延续。A选项错。
企业发生合并、分立、重组以及改制等事项，需承继原建筑业企业资质的，应当申请重新核定建筑业企业资质等级。B选项错。
资质证书有效期届满，未依法申请延续的，资质许可机关应当依法注销建筑业企业资质，并向社会公布其建筑业企业资质证书作废，企业应当及时将建筑业企业资质证书交回资质许可机关，而不是撤回，C选项错。
未取得施工许可证擅自施工的，资质许可机关不予批准其建筑业企业资质升级和增项申请，D选项正确。