在独立投资方案比较中，尽管各项目净现值大于其他项目，但所需投资额大，获利能力可能低于其他项目，而该项目与其他项目又是非互斥的，因此只凭净现值大小无法决策，因此净现值法不适宜于独立方案的比较决策。净现值法有时也不能对寿命期不同的互斥投资方案进行直接决策，因为两项目寿命期不同的话，净现值是不可比的。